در سال ۱۳۷۱ هیأت امناء انجمن خیریه ولی عصر (عج) با توجه به نیاز شهر به یک واحد درمانی، تصمیم به ایجاد یک درمانگاه گرفت و درمانگاه تخصصی خیریه ولی عصر (عج) در خانه ای در خیابان امام شمالی که توسط یکی از افراد خیر به این کار اختصاص یافت تأسیس گردید .

درمانگاه تخصصی خیریه ولی عصر (عج) مدت ۱۰ سال در این خانه با تعدادی پزشک متخصص و عمومی خدمات درمانی به مردم ارائه میکرد، لکن مکان کوچک ، توسعه کار درمانگاه را محدود کرده بود بنابراین هیأت امناء در صدد یافتن مکانی وسیع تر برای گسترش فعالیتهای درمانی برآمد در این اثنا قطعه زمینی توسط یکی از خیرین اصفهان بنام سید محمد گلستانه بمنظور ساخت درمانگاه در اختیار هیأت امناء قرار گرفت و با کمک افراد خیر محلی و همت هیأت امناء ، ساختمان درمانگاه جدید ساخته شد و در سال ۱۳۸۱ افتتاح گردید. در سالهای بعد دو قطعه زمین دیگر خریداری و به آن الحاق گردید. در حال حاضر درمانگاه خیریه ولی عصر (عج) حدود ۸ هزار متر مربع زمین و حدوداً ۲۰۰۰ متر مربع زیر بنا دارد.